O Instituto Maestro Wilson Fonseca surgiu com a expansão das atividades da Escola de Música Maestro Wilson Fonseca, idealizada pela então Superintendente da Fundação Carlos Gomes, Prof.ª Glória Caputo. Fundada em 02 de agosto de 1993, juntamente com o Maestro Agostinho Fonseca, seu diretor desde a fundação, a escola recebeu o nome de Maestro Wilson Fonseca como reconhecimento e homenagem a um dos maiores compositores, artistas, escritor e historiador da Amazônia.